本種は外来種であるアメリカオオアカウキクサとニシノオオアカウキクサの人工雑種といわれ、 近年各地で大発生して問題になっています。 このように増えてしまったのは、 1990年代から合鴨農法（あいがものうほう）に活用されたのが1つの発端といわれています。
　
合鴨農法とは、 水田にアイガモを放すことで水田雑草を食べてもらい、 稲刈り前には捕獲して食肉にするという、 農業と畜産が同時に行われるような無農薬農法のこと。 外来種のアカウキクサ属（外来アゾラ）は、 日本に元からいる在来種のアゾラ（アカウキクサとオオアカウキクサ）よりも暑さに強く、 真夏でも増殖してすぐ一面を覆うことができます。 そのため水田に導入することで雑草が生えるのを物理的に防ぎ、 さらにアイガモの餌になるということで合わせてこの農法に利用されていました。
また、 アゾラはラン藻類と共生していて空気中の窒素を取り込むことができるため貧栄養に強く、 成長した植物体を肥料として使う緑肥（りょくひ）に活用されることもありました。 化学農薬をほとんど使わないため、 一見すると環境にやさしそうです。 ゆえに専門家を中心に、 外来アゾラを農家に配布するといった普及活動までされました。
　
ところが、 やって来た水鳥の足に付着することで他の水辺まで運ばれ、 そこで大繁殖してしまうという事態が起こりました。 特に雑種ではないアメリカオオアカウキクサ（アゾラ・クリスタータ）は在来アゾラとの交雑を起こしてしまうということで、 外来生物法において2005年に特定外来生物に指定され、 生きたままの運搬などが禁止される事態に。 一方、 農法利用のために開発された人工雑種のアイオオアカウキクサは交雑の心配がないためか、 2024年現在もこれに指定されず、 その後も利用されているところがあるのだとか。
　
ですが環境に良いかというと、 そうはいえません。 片親が特定外来生物で、 かつ農法のために改良されているため分裂能力はそれ以上であり、 今でも運ばれ大増殖して生態系を崩すことがあります。 水面が覆われると、 水中に光が届かないため水草が光合成できず、 そこに住む動物にとって酸欠状態になってしまいます。 また暑さに弱い在来アゾラと混生しているときは、 いずれ外来種に全て置き換わってしまうといわれています。 さらに、 外来アゾラは人々の生活にも影響を及ぼすことがあります。 外来アゾラで水面が一面真っ赤になった池で、 子どもが陸地と勘違いして足を踏み入れ溺れてしまう事故が過去に起きているほか、 異常増殖により水道管を詰まらせることもあります。

このように外来アゾラは自然環境に大きな影響を与えています。 しかし、 これだけで終わりません。
　
この仲間を種類まで見分けるのがとても難しいのです。 特に日本固有種であるオオアカウキクサは同じアメーバ状の全形のためよく似ており、 外来アゾラをこちらとする誤同定がとても多くなっています。 アゾラ自体は日本各地でよく見られますが、 そのほとんどが外来で、 在来は今では滅多に見られません。 アカウキクサ属（アゾラ）の種類ごとの特徴については、 こちらのページにまとめていますが、 特定外来生物かわからないときは、 無理せず専門家に相談するのがおすすめです。