本種はオオアカウキクサ但馬型（たじまがた）といわれてきた日本固有種です。 かつて東日本を中心によく見られ、 水田害草として嫌われていたといいます。
ところが、 宅地開発や除草剤によって大きく数を減らしました。 さらに追い打ちをかけるように、 1990年代からアイガモ農法に使われていた近縁種の外来アゾラが各地で野生化してしまいました（詳しくはこちら）。 外来アゾラはとても丈夫な一方、 但馬型は夏の暑さに弱く、 混生していると競争に敗れてしまいます。 さらに但馬型は非常にデリケートであり、 わずかな環境の変化で瞬く間に消滅してしまいます。
その結果、 2012年の第4次環境省レッドリストから絶滅危惧ⅠB類（EN）に指定されるようになりました。 これはアカウキクサと同じであり、 同じ水生のシダで幻の存在になりつつあるデンジソウやサンショウモの絶滅危惧Ⅱ類（VU）、 ミズニラの準絶滅危惧（NT）よりも上のランク。 よりわかりやすい動物で例えると、 なんとゲンゴロウやタガメ、 オオサンショウウオ、 キタノメダカ（いずれも絶滅危惧Ⅱ類）より上です。
なお、 但馬型の由来である兵庫県の但馬地域のものは、 外来アゾラの増加によって、 ほぼ絶滅してしまいました。 また、 これとは別に分けられた大和型はニシノオオアカウキクサ、 阿波型はアゾラで唯一特定外来生物に指定されているアメリカオオアカウキクサと同種だと考えられています。 アカウキクサ属（アゾラ）の種類ごとの特徴については、 こちらのページにまとめています。
オオアカウキクサ
但馬型で知られる日本固有のアゾラ
特徴
自然豊かな水辺に浮かぶ水生シダ。 植物体は不規則なアメーバ状の形をしていて、 ウロコみたいな葉に覆われます。 冬が近づくと、 鮮やかなピンク色に紅葉してきれいです。 初夏頃、 まれに茎の下に胞子のう果をつけます。
近年猛威を振るっている外来種のアカウキクサ属（外来アゾラ）とは、 葉がより大きくて表面の突起が小さめで、 水中に伸びる根につく根毛が早く抜けてしまうことなどで異なりますが、 区別が難しいです。 もう1つの在来種であるアカウキクサは、 植物体が三角形なので簡単に区別できます。
大きさ : 幅1~7cm、 葉長1~2mm
観察の時期 : 一年中（常緑性）
生える場所 : 湧水の出る池沼や水路
分布 : 本州、 四国、 九州
※正確な種の判定は、 形態を細部まで見る必要があります。
日本固有の貴重なアゾラ
外来アゾラとの見分け方
オオアカウキクサ但馬型と外来アゾラは、 どちらも植物体がアメーバ状で非常によく似ており、 現時点で100%確実に見分けるにはDNA鑑定が必要です。 ただし顕微鏡を使用できるなら、 筆者の経験を踏まえた以下の5つの特徴を押さえることで、 両者の区別は可能と考えられます。 なお、 ここでの「外来アゾラ」は、 アメリカオオアカウキクサ、 ニシノオオアカウキクサ、 アイオオアカウキクサの3種を指しています。
①葉の長さと形状
視覚的にもわかりやすい特徴。 葉の長さは但馬型で1~2mmになり、 1mmを下回ることが多い外来アゾラよりも明らかに大きくなります。 さらに、 但馬型は葉が正方形になる傾向があります。 植物体全体も但馬型のほうが大きめですが、 湧水地では外来アゾラも大きくなることがあります。
②葉の表面の突起
調べるのに顕微鏡が必要な特徴。 但馬型の突起は1細胞で小さめ。 一方、 外来アゾラは表面のツブツブが目立つことが多く、 特に2細胞からなる突起があれば外来アゾラと判断できます。 ただし、 外来アゾラでも突起が目立たないことがあり、 これだけで但馬型とすることはできません。
③根につく根毛の有無
区別点にされやすい特徴。 但馬型は「根毛がない」、 外来アゾラは「根毛が多い」と官公庁を含めた文献によく書かれています。 この違い自体は重要で、 野外で根毛が多くついているのを確認できたら、 ほぼ外来アゾラと思っていいでしょう。 しかし、 外来アゾラでも古い根では時に目立たなかったり抜け落ちているほか、 伸び途中の根では膜で根毛が隠れているため、 野外で「根毛がない」だけで但馬型と判断するのはリスクがあります。 さらに筆者の確認した但馬型では、 伸び切って膜が抜けた根の先近くには、 早落性の小さな根毛が多数ついていました。 すべての但馬型に当てはまるか不明ですが、 この特徴はいくつかの専門的な文献でも書かれているため、 「根毛がない」という書き方は誤りの可能性が高いです。
④グロキディウムの隔壁
論文でも示されている、 DNA以外では最も信頼できる特徴。 胞子のう果にできる球状体（マスラ）につく錨状の突起をグロキディウムといいます。 このグロキディウム内部にある仕切り（隔壁）の本数と位置が種類によって違い、 但馬型は先端近くに3本以上できます。 対してニシノオオアカウキクサでは隔壁がないか、 まれに先端近くに1~2本しか見られません。 アメリカオオアカウキクサは全体に多数の隔壁をもつ傾向があります。 この識別法の最大の問題点は、 オオアカウキクサ類が胞子のう果をあまり作らず、 観察が難しいところにあります。
⑤生えている環境と栽培のしやすさ
雰囲気でわかる特徴。 但馬型は水温の安定した湧水がある水辺を好みます。 一方、 外来アゾラは直射日光がガンガン当たるような平地の田んぼでも旺盛に増殖します。 とはいえ、 現状では湧水地でも外来アゾラに置き換わっているところが多くなっています。 また、 筆者が但馬型とニシノオオアカウキクサを同じ条件で育てたところ、 1か月後に但馬型は個体数が1/10以下になったのに対し、 ニシノオオアカウキクサは約5倍に増加しました。 外来アゾラには、 栽培が禁止されている特定外来生物のアメリカオオアカウキクサが含まれているところがネックですが、 栽培難易度の差も判断材料になりえるかもしれません。
以上から、 まずは①の大きさ、 ③の根毛、 ⑤の生育環境から但馬型かの見当をつけ、 可能性があるならばそれ以外の特徴も観察して総合的に判断するのが良いと思われます。